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中华临床实验室管理电子杂志

中华临床实验室管理电子杂志 ›› 2016, Vol. 04 ›› Issue (03) : 134 -138. doi: 10.3877/cma.j.issn.2095-5820.2016.03.002

所属专题： 文献；

专家论坛

用全基因组测序追踪临床重要耐药菌院内感染的暴发流行
蒋琰1, 俞云松1,†()   
  1. 1. 310016　浙江大学医学院附属邵逸夫医院感染科　浙江省微生物技术与生物信息研究重点实验室
  • 收稿日期:2016-08-16 出版日期:2016-08-28
  • 通信作者: 俞云松
  • 基金资助:
    浙江省重点研发计划资助课题(2015C03046); 浙江省医药卫生平台骨干人才计划资助课题(2013RCA030)

Tracking the hospital-acquired infections outbreak of multi-drug resistant bacteria with whole genome sequencing

Yan Jiang1, Yunsong Yu1,†()   

  1. 1. Department of Infectious Diseases, Sir Run Run Shaw Hospital, College of Medicine, Zhejiang University, Key Laboratory of Microbial Technology and Bioinformatics of Zhejiang Province, Hangzhou 310016, China
  • Received:2016-08-16 Published:2016-08-28
  • Corresponding author: Yunsong Yu
  • About author:
    Corresponding author: Yu Yunsong, Email:
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引用本文：

蒋琰, 俞云松. 用全基因组测序追踪临床重要耐药菌院内感染的暴发流行[J]. 中华临床实验室管理电子杂志, 2016, 04(03): 134-138.

Yan Jiang, Yunsong Yu. Tracking the hospital-acquired infections outbreak of multi-drug resistant bacteria with whole genome sequencing[J]. Chinese Journal of Clinical Laboratory Management(Electronic Edition), 2016, 04(03): 134-138.

新一代高通量测序技术的成熟和普及使微生物基因组学获得长足发展，采用全基因组序列分析追踪和溯源临床重要耐药菌院内感染的暴发，已成为近年临床微生物研究领域的热点，并形成了一个新的学科方向——基因组流行病学。在将全基因组序列分析用于临床耐药菌流行溯源时，可利用基因组数据的强大分辨率和丰富信息，在进行菌株充分分型的基础上，更精确地判断耐药菌同源性的远近，分辨出不同的进化路线，推断耐药菌在医院环境中的演化过程，这对临床耐药菌院内感染控制工作意义重大。

关键词: 全基因组测序, 耐药细菌, 暴发, 追踪, 溯源

The development of next-generation high-throughput sequencing technology promotes the growth of microbial genomics increasingly. Whole-genome sequencing (WGS) has been considered as a promising tool for tracking and tracing transmission pathways in outbreaks caused by multidrug-resistant bacteria. This hot spot of clinical microbial research has developed a burgeoning academic field dubbed genomic epidemiology. Based on the powerful discriminatory capability in molecular typing and abundant data from WGS, people could identify the homology of multidrug-resistant bacteria at great length, elucidate their novel transmission route and decipher their evolution process in the hospital environment. They are significant for clinical infections control.

Key words: Whole-genome sequencing, Multidrug-resistant bacteria, Outbreak, Tracking, Tracing
图1 传统流行病学和WGS方法确定18例患者中耐药菌株流行溯源效果图
图2 WGS分析细菌基因组同源关系的步骤图
1
Metzker ML. Sequencing technologies-the next generation [J]. Nat Rev Genet, 2010,11(1):31-46.
2
Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies [J]. Nat Rev Genet, 2016,17(6):333-351.
3
Liu L, Li Y, Li S, et al. Comparison of next-generation sequencing systems [J]. J Biomed Biotechnol, 2012,2012:251364.
4
Gilchrist CA, Turner SD, Riley MF, et al. Whole-genome sequencing in outbreak analysis [J]. Clin Microbiol Rev, 2015,28(3):541-563.
5
Wilson MK, Lane AB, Law BF, et al. Analysis of the pan genome of Campylobacter jejuni isolates recovered from poultry by pulsed-field gel electrophoresis, multilocus sequence typing (MLST), and repetitive sequence polymerase chain reaction (rep-PCR) reveals different discriminatory capabilities [J]. Microb Ecol, 2009,58(4):843-855.
6
Koser CU, Holden MT, Ellington MJ, et al. Rapid whole-genome sequencing for investigation of a neonatal MRSA outbreak [J]. N Engl J Med, 2012,366(24):2267-2275.
7
Harris SR, Cartwright EJ, Torok ME, et al. Whole-genome sequencing for analysis of an outbreak of meticillin-resistant Staphylococcus aureus: a descriptive study [J]. Lancet Infect Dis, 2013,13(2):130-136.
8
Snitkin ES, Zelazny AM, Thomas PJ, et al. Tracking a hospital outbreak of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae with whole-genome sequencing [J]. Sci Transl Med, 2012,4(148):148ra116.
9
Kupferschmidt K. Infectious diseases. Genome study helps contain MRSA outbreak--and breeds new questions [J]. Science, 2012,338(6110):1019.
10
Diep BA. Use of whole-genome sequencing for outbreak investigations [J]. Lancet Infect Dis,2013,13(2):99-101.
11
Gardy JL. Investigation of disease outbreaks with genome sequencing [J]. Lancet Infect Dis, 2013,13(2):101-102.
12
Fu S, Octavia S, Tanaka MM, et al. Defining the Core Genome of Salmonella enterica Serovar Typhimurium for Genomic Surveillance and Epidemiological Typing [J]. J Clin Microbiol, 2015,53(8):2530-2538.
[1] 张婉微, 秦芸芸, 蔡绮哲, 林明明, 田润雨, 金姗, 吕秀章. 心肌收缩早期延长对非ST段抬高型急性冠脉综合征患者冠状动脉严重狭窄的预测价值[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2023, 20(10): 1016-1022.
[2] 刘丹妮, 敖梦, 冉海涛, 李世玉, 秦芳. 三维超声心动图及二维斑点追踪成像对持续性心房颤动复律后双心房逆向重构的评估[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2023, 20(08): 827-835.
[3] 谭芳, 杨娇娇, 沈玉琴, 李炎菲海, 王海蕊, 范思涵, 纪学芹. 胎儿心脏定量分析技术对正常胎儿心脏形态及收缩功能的评价[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2023, 20(06): 598-604.
[4] 应康, 杨璨莹, 刘凤珍, 陈丽丽, 刘燕娜. 左心室心肌应变对无症状重度主动脉瓣狭窄患者的预后评估价值[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2023, 20(06): 581-587.
[5] 陈丹丹, 马小静, 夏娟, 余正春, 谢姝瑞, 程冠, 吴梅. 二维斑点追踪成像技术对肥厚型心肌病患者右心室功能的评价[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2023, 20(04): 417-423.
[6] 王秀秀, 严霜霜, 邓晓奇, 熊峰. 二维斑点追踪成像评价左束支起搏左心室激动顺序与同步性[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2023, 20(04): 404-410.
[7] 邢长洋, 胡伟, 陈慧芸, 张倩, 雷玉嘉, 袁丽君. 斑点追踪超声心动图在室壁运动评估自主教学中的应用[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2023, 20(02): 200-206.
[8] 郑雨萌, 丁明岩, 郭丽娟, 张慧慧, 李颖, 赵含章, 朱芳. 心房颤动患者冷冻消融联合左心耳封堵术后左心房结构和功能的超声心动图评价[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2022, 19(12): 1336-1341.
[9] 张贺彬, 高枫, 郑哲岚, 王晓嫚, 陈丽, 杨寸芯, 胡佩佩. 二维斑点追踪超声心动图对业余马拉松运动员右心室收缩功能的评估[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2022, 19(10): 1091-1097.
[10] 李沅芝, 李一丹, 丁雪晏, 郭迪晨, 叶晓光, 王江涛, 吕秀章. 二维斑点追踪超声心动图对阵发性心房颤动患者左心室功能及机械离散度的评价[J]. 中华医学超声杂志（电子版）, 2022, 19(06): 535-540.
[11] 陈娇, 王立伟, 孙斌, 张萌, 刘倩, 周美艳, 丁文平, 张伟. 体外膜肺氧合联合主动脉内球囊反搏在暴发性心肌炎救治中的应用[J]. 中华危重症医学杂志(电子版), 2023, 16(01): 6-12.
[12] 董亚玲, 邓超, 刘淼淼, 张颖, 郭锋伟, 阮骊韬, 陈红, 尚佳楠, 王飞, 武慧蓉, 师桃, 宋艳. 右心室心肌应变在静脉-动脉体外膜氧合辅助支持治疗暴发性心肌炎急性期中的价值[J]. 中华危重症医学杂志(电子版), 2022, 15(04): 300-303.
[13] 要丹丹, 陈会娟, 南雨杰. 2D-STE评价OSAS患者心功能指标与疾病严重程度的分析[J]. 中华肺部疾病杂志(电子版), 2022, 15(03): 358-360.
[14] 薛念余, 张盛敏, 吴凌恒, 沙蕾, 童揽月, 沈崔琴, 李朝军, 杜联芳. 研究血清胆红素对2型糖尿病患者心脏结构发生改变前心肌功能的影响[J]. 中华临床医师杂志(电子版), 2023, 17(9): 1004-1009.
[15] 蔡琦, 雍永宏, 何花, 佘铜生, 俞慧. 三维斑点追踪技术联合血清同型半胱氨酸对冠心病患者左心功能的评估价值[J]. 中华临床医师杂志(电子版), 2022, 16(05): 425-430.
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