目的
利用生物信息学,筛选原发性痛风性关节炎(PGA)与高尿酸血症(HUA)的关键基因及探索相关通路。
方法
从GeneCards、OMIM、DisGeNET 3个数据库中检索PGA与HUA的疾病基因靶点,分别对所得的靶点进行总结、筛选和去重,分别获得两组疾病最终基因靶点。然后取交集处理,将共同的基因靶点导入STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络图中,下载 tsv格式的PPI网络,并导入Cytoscape 3.8.0软件,通过CytoHubba插件,按度中心度、接近中心度、介数中心度大于中值的条件,筛选出度中心度排在前27个的目标靶基因。利用 DAVID数据库对PGA和HUA两种疾病的共同靶基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。
结果
筛选出PGA相关基因389个、HUA相关基因 802个,两组疾病基因交集后获得共同靶基因150个,利用PPI网络图和CytoHubba的分析结果,确定了IL-6、RELA、APP、TNF、INS、IL-1β、CXCL8、MAPK1、TLR4等为PGA与HUA的共同关键靶基因,GO富集分析显示其主要与炎症反应、免疫反应等生物过程相关,KEGG信号通路分析包括NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路、核因子κB信号通路、HIF-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。
结论
通过PGA与HUA的共同关键基因和涉及的信号通路,为了解两种疾病相关性,以及后续相关研究提供了一定的理论基础。